Sejak diperkenalkan pada tahun 1830 dan berhasil dikembangkan secara masif menjadi salah satu tanaman ekspor andalan sejak tahun 1858, tembakau sudah menjadi salah satu sumber pemasukan keuangan negara bagi pemerintah kolonial Belanda. Maka, sejak saat itu pula, komoditi eksotis ini dibebani pungutan pajak dalam bentuk cukai, yakni atas produk olahannya dalam bentuk rokok, sehingga sering juga disebut sebagai ‘cukai rokok’.
Namun, peraturan resmi yang sistematis atas pemungutan cukai tembakau tersebut baru terwujud menjelang pertengahan abad ke-20. Pemerintah kolonial Belanda mengaturnya dalam Staatsblad Nomor 517 Tahun 1932, Staatsblad Nomor 560 Tahun 1932, dan terakhir dengan Staatsblad Nomor 234 Tahun 1949 tentang ‘Tabaksaccijns-Ordonnantie’. Semua peraturan itu mengatur tentang pita cukai, bea ekspor dan bea masuk impor, termasuk di dalamnya adalah ketentuan mengenai besaran jumlah yang diterima pemerintah dari pengutipan cukai tersebut.
Setelah kemerdekaan, pemerintah Indonesia melanjutkan pemungutan cukai tembakau dalam UU Darurat Nomor 22 Tahun 1950 Penurunan Cukai Tembakau. Undang-undang ini mengatur harga jual eceran (HJE), pemungutan cukai yang diturunkan, dan penetapan golongan-golongan pengusaha tembakau yang dibebani kewajiban membayar cukai. Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 8 Tahun 1951 kemudian mengatur penetapan besarnya pungutan cukai hasil tembakau dengan cara melekatkan pita cuka warna-warni yang beragam pada beberapa jenis atau penggolongan hasil tembakau yang diproduksi, yaitu: cerutu dan rokok yang dibuat
Pada tahun 1956, dikeluarkan UU Nomor 16 Tahun 1956 tentang Pengubahan dan Penambahan Ordonansi Cukai Tembakau. Peraturan ini dikeluarkan dengan maksud untuk mengurangi dampak semakin banyaknya perusahaan-perusahaan rokok –terutama perusahaan-perusahaan kecil skala rumah tangga– yang bangkrut akibat tingginya pengenaan cukai tembakau, selain untuk merapihkan semua peraturan yang sudah ada mengenai rokok sebagai produk hasil tembakau.
Dalam hal ini pemerintah memberikan subsidi kepada perusahaan-perusahaan rokok berupa penurunan cukai pada jumlah tertentu dan pembebasan cukai atas pengusaha-pengusaha rokok selama satu tahun (tax holiday). Undang-undang baru ini tidak lagi menetapkan cukai berdasarkan HJE per bungkus rokok, tetapi pada setiap batang rokok. Kebaikan peraturan ini adalah bahwa pengusaha dapat menghitung harga penjualan produk mereka dengan cara menghitung jumlah cukai yang ditetapkan, sehingga harga jual ecerannya dapat diubah sewaktu-waktu apabila pangsa pasar dari harga bahan baku berubah-ubah dengan tidak perlu menambah pita cukainya.
Pada masa Orde Baru (1966-1998), pengaturan cukai rokok atau cukai hasil tembakau semakin kompleks dan semakin dipadukan dengan semua ketentuan mengenai cukai komoditi lainnya dalam UU Nomor 11 Tahun 1995 tentang Cukai. Undang-undang ini kemudian diterapkan melalui berbagai peraturan pemerintah (PP), antara lain, PP Nomor 24 Tahun 1996 tentang Pengenaan Sanksi Administrasi di Bidang Cukai, PP Nomor 25 Tahun 1996 tentang Izin Pengusaha Barang Kena Cukai, dan PP Nomor 55 Tahun 1996 tentang Penyidikan Tindak Pidana di Bidang Kepabeanan dan Cukai. Pada dasarnya, penetapan besarnya cukai pada masa ini menggabungkan pendekatan atas dasar HJE dan atas dasar jumlah batang rokok yang diatur dalam peraturan Menteri Keuangan.